Fluidigm C1单细胞自动制备系统是一种基于微流控技术的创新性自动化设备，专为单细胞基因组学研究而设计。该系统能够快速、可靠地分离单个细胞，并完成从捕获到后续分析的全过程，包括细胞裂解、RNA提取、逆转录、cDNA合成及扩增等步骤。以下是关于该系统的详细说明：

1. 技术原理与功能

C1系统的核心是集成微流控电路（Integrated Fluidic Circuit, IFC），通过微流控技术将单个细胞隔离到独立的反应腔中。每个反应腔可以捕获5-10微米至25微米大小的单个细胞，最多可同时处理96个单细胞。在捕获后，系统自动进行细胞裂解、RNA反转录和cDNA扩增，生成用于后续分析的基因组文库或转录组文库。

2. 应用领域

C1系统广泛应用于单细胞基因表达分析、全基因组测序、单细胞mRNA测序、全转录组研究以及表观遗传学研究等领域。它能够帮助研究人员探索细胞异质性、识别稀有细胞、研究细胞功能以及验证疾病相关生物标志物等。

3. 优势

• 一体化自动化流程：C1系统实现了从单细胞捕获到基因组分析的全流程自动化，减少了人为操作误差，提高了实验效率和数据准确性。
• 高通量与高精度：单张芯片可同时捕获并处理多达96个单细胞，且捕获效率高，能够有效减少样本污染和交叉污染。
• 适用范围广：支持多种细胞类型，包括细菌、真菌、植物细胞以及哺乳动物细胞等。
• 数据质量高：由于自动化程度高，实验误差大幅降低，生成的数据具有较高的可靠性和准确性。

4. 操作流程

C1系统的操作流程如下：

1. 样本准备：将细胞悬液加入到预加载的ICF芯片中。
2. 单细胞捕获：通过微流控技术将单个细胞捕获到独立的反应腔中。
3. 细胞裂解与RNA提取：在捕获后，系统自动裂解细胞并提取RNA。
4. 逆转录与cDNA合成：将RNA逆转录为cDNA。
5. 扩增与文库构建：对cDNA进行扩增，生成用于测序的文库。
6. 后续分析：将生成的文库导入高通量测序平台进行基因组或转录组分析。