超纯水系统分为手动控制和全自动控制，由于一些客户经费或者观念上面的影响，客户选配了手动控制的超纯水系统。全自动控制的超纯水系统是不需要去手动按钮控制设备的运行的，控制和运行起来很方便。但是手动控制的超纯水系统，也可以理解为半自动控制的系统，它们需要定期的手动维护设备。进水箱部分和纯水箱部分通过浮标来控制设备的原水泵、反渗透增压泵、纯水泵的启停，不过系统电路控制上面也会有控制它们启停的额外按钮，需要手动开启它们，不过运行后就可通过浮标的上浮或者下沉来控制。

超纯水机树脂的介绍上可交换的阴离子如OH离子被置换到水中,并与水中的H离子结合成水，即超纯水精处理 包括紫外线杀菌、终端膜过滤和超滤。紫外线杀菌是因生物体的核酸吸收紫外线光的能量而改变核酸自身结构,破坏核酸功能而使细菌死亡。杀菌的光谱波长为2600埃。各种膜过滤能除掉直径大于 0.2微米的颗粒，但对于清除有机物则不如反渗透和超滤有效。超滤是把各种选择性的分子分离。在超滤过程中，水在压力下流过一个卷式或中空纤维膜棒。膜孔径在10～200埃范围内,薄膜厚度为0.1～0.5微米,附在一个中孔的纤维棒内壁上，超滤能除去细菌和0.05微米的粒子。