从产品生产工艺和配方来说，阳离子聚丙烯酰胺需要用到DAC或DMC阳离子单体，而阴离子聚丙烯酰胺不需要用到这两种原材料。这也是本质的区别。

从制成品上来说，阴离子聚丙烯酰胺因其生产原料及生产工艺简单，其售价往往低于阳离子聚丙烯酰胺和非离子聚丙烯酰胺（因指标不同，并不是阴离子就一定价格低于阳离子型）。

从应用上来说，阳离子聚丙烯酰胺多用于有机污废水的处理，阴离子聚丙烯酰胺主要用于无机类污废水处理，应用面也更广一些，比如作为增稠剂、粘合剂、絮凝剂等应用。